CARA MENGHITUNG POPULASI PATOGEN TULAR TANAH

CARA MENGHITUNG POPULASI PATOGEN TULAR TANAH

(Laporan Praktikum Patogen Tular Tanah)

                                                                                 

Oleh :

Samsudin

1710517210017

Kelompok 5

PROGRAM STUDI PROTEKSI TANAMAN

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT

BANJARBARU

2019

DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR ISI...............................................................................................              i

DAFTAR TABEL.......................................................................................             ii

PENDAHULUAN......................................................................................            1

Latar Belakang.................................................................................            1

Tujuan..............................................................................................             2

TINJAUAN PUSTAKA..............................................................................             3

BAHAN DAN METODE...........................................................................            5

Alat dan Bahan................................................................................            5

Alat.........................................................................................             5

Bahan......................................................................................             5

Waktu dan Tempat...........................................................................            5

Prosedur Kerja.................................................................................            5

HASIL DAN PEMBAHASAN..................................................................            7

Hasil.................................................................................................            7

Pembahasan......................................................................................             9

KESIMPULAN...........................................................................................          12

DAFTAR PUSTAKA                                                                                               

DAFTAR TABEL

Nomor                                                                                                        Halaman

1.    Cara Perhitungan Populasi Patogen Tular Tanah..................................              7

PENDAHULUAN

Latar Belakang

Pertumbuhan adalah meningkatnya jumlah kuantitas massa sel dengan cara terbentuknya sel-sel baru. Terjadinya proses pertumbuhan tergantung dari kemampuan sel dalam membentuk protoplasma baru dari nutrient yang tersedia di lingkungan. Pada bakteri, pertumbuhan secara aseksual dan disebut dengan pembelahan biner. Pembelahan biner berlangsung dengan interval yang teratur dengan penambahan atau kelipatan secara eksponensial. Fase pertumbuhan bakteri merupakan fase pembelahan sek bakteri yang melalui beberapa fase yaitu, Fase lag, Fase Logaritma/Exponensial, Fase Stasioner dan Fase Kematian.

Fase Lag merupakan fase penyesuaian bakteri dengan lingkungan yang baru. Lama fase lag pada bakteri sangat bervariasi, tergantung pada komposisi media, pH, suhu, aerasi, jumlah sel pada inokulum awal dan sifat fisiologis mikro organisme pada media sebelumnya. Fase Logaritma / eksponensial ditandai dengan terjadinya periode pertumbuhan yang cepat. Setiap sel dalam populasi membelah menjadi dua sel. Variasi derajat pertumbuhan bakteri pada fase eksponensial ini sangat dipengaruhi oleh sifat genetik yang diturunkannya. Fase stasioner terjadi pada saat laju pertumbuhan bakteri sama dengan laju kematiannya.Sehingga jumlah bakteri keseluruhan bakteri akan tetap. Keseimbangan jumlah keseluruhan bakteri ini terjadi karena adanya pengurangan derajat pembelahan sel. Fase Kematian merupakan fase dimana laju kematian lebih besar. Dalam analisa mikrobiologi, menghitung jasad renik mikroorganisme suatu sediaan, harus diperhitungkan sifat-sifat dari bahan yang akan diperiksa, terutama: kelarutan, kemungkinan adanya zat anti mikroba, dan derajat kontaminasi yang dperkirakan. Untuk mempermudah penghitungan koloni diperlukan pengetahuan mengenai morfologi bakteri tersebut sehingga media pertumbuhan yang akan digunakan sesuai dengan sifat bakteri tersebut.

Ada 2 macam cara perhitungan jumlah mikroba/bakteri, yaitu perhitungan secara langsung dan tidak langsung. Perhitungan jumlah mikroba secara langsung yaitu jumlah mikroba dihitung secara keseluruhan, baik yang mati atau yang hidup sedangkan perhitungan jumlah miroba secara tidak langsung yaitu jumlah mikroba dihitung secara keseluruhan baik yang mati atau yang hidup atau hanya untuk menentukan jumlah mikroba yang hidup.

Untuk mengetahui perkembangan atau pertumbuhan suatu bakteri membutuhkan pembuatan media dengan metode perhitungan bakteri yang ada dalam media. Ada banyaknya metode yang digunakan dalam menghitung jumlah bakteri secara kuantitatif dari suatu populasi bakteri.

Penentuan jumlah angka mikroorganisme sangat penting dilakukan untuk menetapkan keamanan suatu sediaan farmasi dan makanan. Berbagai metode telah dikembangkan untuk menghitung jumlah mikroorganisme. Metode tersebut menghitung jumlah sel, massa sel, atau isi sel yang sesuai dengan jumlah sel

Tujuan

            Adapun tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengetahui jumlah populasi patogen dalam tanah

TINJAUAN PUSTAKA

Isolat bakteri yang diperoleh diamati morfologi koloni dengan melihat bentuk koloni, warna, tepian dan elevasi pada medium agar lempeng, agar tegak dan agar miring. Sedangkan morfologi sel ditentukan dengan melihat olesan biakan yang sudah diwarnai dibawah mikroskop dan melihat bagaimana bentuk sel, sifat gram, dan kemampuan membentuk spora dari bakteri tersebut (Pelczar dan Chan, 2006).

Perhitungan bakteri adalah suatu cara yang digunakan untuk menghitung jumlah colony bakteri yang tumbuh pada suatu media pembiakan. Secara mendasar ada dua cara penghitungan bakteri, yaitu secara langsung dan secara tidak langsung. Ada beberapa cara perhitungan secara langsung, antara lain adalah dengan membuat preparat dari suatu bahan (preparat sederhana diwarnai atau tidak diwarnai) dan penggunaan ruang hitung (counting chamber). Sedangkan perhitungan secara tidak langsung hanya mengetahui jumlah mikroorganisme pada suatu bahan yang masih hidup saja (viable count). Dalam pelaksanaannya ada beberapa cara yaitu perhitungan pada cawan, perhitungan melalui pengenceran, perhitungan jumlah terkecil atau terdekat (MPN methode), cara kekeruhan atau turbidimetri. Perhitungan jumlah suatu bakteri dapat melalui berbagai macam uji seperti uji kualitatif koliform yang secara lengkap terdiri dari tiga tahap yaitu uji penduga (uji kuantitatif, bisa dengan metode MPN), uji penguat dan uji pelengkap. Waktu, mutu sampel, biaya, tujuan analisis merupakan beberapa faktor penentu dalam uji kualitatif koliform. Bakteri koliform dapat dihitung dengan menggunakan metode cawan petri (metode perhitungan secara tidak langsung yang didasarkan pada anggapan bahwa setiap sel yang dapat hidup akan berkembang menjadi satu colony yang merupakan suatu indeks bagi 5-6 jumlah organisme yang dapat hidup yang terdapat pada sampel) (Dwidjoseputro, 2005).

Perhitungan koloni untuk menghitung jumlah total pertumbuhan mikroorganisme kapang dan bakteri dilakukan dengan cara pengenceran. Pengertian istilah propagul diberikan bagi kapang sebagai struktur reproduksi dalam bentuk potongan populasi hifa atau miselium. Sedangkan pengertian koloni diberikan untuk bakteri yang diartikan sebagai bagian dari populasi individu mikroorganisme dari jenis yang sama setelah dipisahkan (Permana dan Kusmiati, 2007).

Ada berbagai cara untuk mengisolasi bakteri dalam biakan murni yaitu, cara pengenceran, cara penuangan, cara penggesekan, atau penggoresan, cara penyebaran, cara pengucilan 1 sel, dan cara inokulasi pada hewan. Masing-masing mempunyai kelebihan dan kekurangan (Waluyo, 2007).

Untuk metode streak plate misalnya, mikroba diletakan didalam pada ujung palte mengguanakan ose, lalu digoreskan pada permukaan medium agar tersebut dengan pola tertentu yang khas. Ada pula metode Pour Plate atau penuangan. Metode ini dapat digunakan untuk penghitungan bakteri secara langsung. Karena sebelum dituang bakteri tersebut diencerkan terlebih dahulu. Sehingga syarat penghitungan langsung yaitu dalam 1 media terdapat 30-300 koloni dapat terpenuhi (Prescott et al., 2008).

BAHAN DAN METODE

Alat dan Bahan

Alat

Adapun alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah vortex, shaker, botol kaca, laf, tabung reaksi, rak tabung reaksi, neraca analitik, gelas ukur, cawan petri, jarum suntik 10 ml dan 1 ml.

Bahan

            Adapun bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah air steril, tanah tanaman pepaya yang bergejala sebanyak 10 gram, aluminium foil, cling warp, media NA dan PDA.

Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilaksanakan pada hari Selasa, tanggal 9 April 2019, pada pukul 14.50-16.50 WITA. di Laboratorium Fitopatologi Jurusan Hama dan Penyakit Tumbuhan Fakultas Pertanian Universitas Lambung Mangkurat Banjarbaru.

Prosedur kerja

Adapun prosedur kerja yang dilakukan dalam praktikum kali ini adalah :

1.      Menyiapkan alat dan bahan.

2.      Menimbang tanah dari perakaran tanaman yang sakit sebanyak 10 gram.

3.      Memasukkan air kedalam botol kaca sebanyak 90 ml, kemudian tambahkan tanah yang sudah ditimbang.

4.      Menutup botol kaca dengan aluminium foil dan cling warp.

5.      Shaker larutan tersebut selama 15 menit dengan kecepatan 150 rpm.

6.      Menuangkan air steril kedalam 6 tabung reaksi masing-masing 9 ml.

7.      Mengambil suspensi dari tanah sebanyak 1 ml, masukkan kedalam tabung reaksi kemudian vortex, lakukan pengenceran sebanyak 6 kali.

8.      Masukkan 9 ml media NA kedalam tabung reaksi kemudian ambil 1 ml dari pengenceran ke 6 dan vortex selama 1 menit sebelum divortex tabung reaksi ditutup dengan aluminium foil.

9.      Membuka tutup aluminium foil, panaskan sebentar diatas lmapu bunsen kemudian tuangkan suspensi pada cawan petri di LAF.

10.  Inkubasi selama 3 hari, kemudian hitung dengan colony counter.

11.  Perhitungan menggunakan rumus

S =

Ket :

       Fx = pengenceran

        S = jumlah koloni/ml

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil

            Adapun hasil praktikum kali ini adalah sebagai berikut :

Tabel 1. Cara Perhitungan Populasi Patogen Tular Tanah

No	Gambar	keterangan
1		Tanah yang sudah ditimbang sebanyak 10 gram.
2		Memasukkan tanah kedalam botol kaca yang telah diisi air sebanyak 90 ml.
3		Shaker larutan sebelumnya selama 15 menit dengan kecepatan 150 rpm.
4		Mengambil suspensi dari tanah sebanyak 1 ml, masukkan kedalam tabung reaksi

tabel 1. Lanjutan

5		Vortex suspensi sampai homogen, lakukan hingga pengenceran suspensi sebanyak 6 kali.
6		Vortex tabung reaksi yang berisi media NA 9 ml dan suspensi pengencerann ke 6, sebelumnya tutup tabung reaksi dengan aluminium foil.
7		Menuangkan suspensi pada cawan petri di Laminar Air Flow.
8		Hasil inkubasi selama 3 hari terdapat banyak koloni bakteri yang tumbuh.
9		Menghitung jumlah koloni bakteri yang hidup menggunakan alat colony counter.

2.  Hasil Perhitungan Populasi Patogen Tular Tanah

Diketahui :  jumlah colony      : 36

                    Fx pengenceran    : 10^-6

                    ml  suspensi         : 0,1 ml

Ditanya : S....?

Rumus :  S = 

Jawab :           S = 

                          = 

                          =  36 × 10⁷ CFU/ ml.

Pembahasan

            Pada praktikum kali ini tentang cara menghitung populasi patogen tular tanah. Tanah yang digunakan adalah tanah dari tanaman pepaya yang sakit disebabkan oleh salah satu patogen tular tanah, langkah pertama yang dilakukan adalah menimbang sebanyak 10 gram tanah yang selanjutnya akan dimasukkan kedalam 90 ml air dalam botol kaca. Langkah kedua yaitu menshaker botol kaca yang berisi suspensi tanah selama 15 menit dengan kecepatan 150 rpm, dengan tujuan agar suspensi benar-benar tercampur merata atau homogen, kemudian masukkan kedalam tabung reaksi yang berisi air steril dan vortex hingga homogen, selanjutnya melakukan pengenceran sebanyak 6 kali agar jumlah koloni yang tumbuh tidak terlalu banyak dan tidak terlalu sedikit. Langkah ketiga yang dilakukan adalah memasukkan suspensi pada cawan petri dibawah LAF, kemudian inkubasi selama 3 hari cawan petri tersebut.

 Prinsip pada metode isolasi pada agar cawan adalah mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya. Setiap koloni yang terpisah yang tampak pada cawan tersebut setelah inkubasi berasal dari satu sel tunggal. Terdapat beberapa cara dalam metode isolasi pada agar cawan, yaitu: Metode gores kuadran, dan metode agar cawan tuang Metode gores kuadran. Bila metode ini dilakukan dengan baik akan menghasilkan terisolasinya mikroorganisme, dimana setiap koloni berasal dari satu sel.

Pada praktikum kali ini kami menggunakan  metode cawan tuang. Metode cawan tuang  merupakan cara lain untuk memperoleh koloni murni dari populasi campuran mikroorganisme adalah dengan mengencerkan spesimen dalam medium agar yang telah dicairkan dan didinginkan ( ± 50⁰C ) yang kemudian dicawankan. Karena konsentrasi sel-sel mikroba di dalam spesimen pada umunya tidak diketahui sebelumnya, maka pengenceran perlu dilakukan beberapa tahap sehingga sekurang-kurangnya satu di antara cawan tersebut mengandung koloni terpisah di atas permukaan ataupun di dalam agar. Metode ini memboroskan bahan dan waktu namun tidak memerlukan keterampilan yang tinggi.

Colony counter adalah alat bantu yang digunakan  untuk menghitung koloni bakteri yang ditumbuhkan di media yang disimpan dalam cawan petridish. Jenis colony counter ada yang otomatis dan semi otomatis, untuk yang otomatis adalah penghitungan jumlah sudah dilakukan secara otomatis oleh sistem komputerisasi. Sedangkan yang semi otomatis adalah perhitungan dengan cara menyentuh bakteri yang tumbuh kemudian alat akan menghitung secara otomatis.

Cara Penggunaan Colony Counter pertama nyalakan Saklar general, Atur knop sensifitas, dan saklar bunyi beep, lalu Pilih “MODE (M)” kemudian sesuaikan kecerahan lampu atau warna dasar yang sesuai dengan cara memilih panah atas atau bawah. Selanjutnya jika ingin menambah kecerahan pada saat display huruf “L”/ light dan didepannya nilai kecerahannya dengan memencet panah atas ataupun sebaliknya. Sedangkan jika ingin merubah warna dasar maka pada saat display “C” / colour dan maka pilih panah atas atau bawah. Lalu  letakkan cawan petridish pada permukaan yang ada garis kotak, kemudian hitung koloni bakteri dengan cara menekan dan menandai bakteri yang tumbuh dengan menggunakan spidol. Kemudian untuk memulai penghitungan lagi maka tekan tombol “R” / Reset sehingga display akan terlihat angka 000.

Pada saat penghitungan jumlah koloni yang tumbuh pada alat colony counter didapatkan 36, selain juga didapatkan juga bahwa telah dilakukan pengenceran sebanyak 6 kali berarti Fx adalah 10^-6 dan ml suspensi yang digunakan adalah 0,1 ml. Selanjutnya dimasukkan kedalam rumus S sama dengan jumlah koloni dibagi fx pengenceran dikali dengan ml suspensi, kemudian dimasukkan angka pada rumus tersebut sesuai dengan data yang didapatkan. Jumlah unit koloni per ml sama dengan 36 dibagi 10^-6 dikali 0,1 ml dan hasilnya adalah 36 × 10⁷ CFU/ml (Colony Forming Unit per ml).

KESIMPULAN

            Adapun kesimpulan dari praktikum ini adalah sebagai berikut :

1.      Pengenceran dilakukan sebanyak 6 kali agar jumlah koloni yang tumbuh tidak terlalu banyak dan tidak terlalu sedikit.

2.      Prinsip pada metode isolasi pada agar cawan adalah mengencerkan mikroorganisme sehingga diperoleh individu spesies yang dapat dipisahkan dari organisme lainnya.

3.      Metode cawan tuang  merupakan cara lain untuk memperoleh koloni murni dari populasi campuran mikroorganisme adalah dengan mengencerkan spesimen dalam medium agar yang telah dicairkan dan didinginkan ( ± 50⁰C ) yang kemudian dicawankan.

4.      Jumlah koloni yang terdapat pada cawan perti yang dihitung pada colony counter adalah 36 dan hasil perhitungan jumlah koloni adalah 36 × 10⁷ CFU/ml

DAFTAR PUSTAKA

Dwidjoseputro, D. 2005. Dasar-dasar Mikrobiologi. Djambatan. Jakarta.

Pelczar, Michael J. Dan E.C.S Chan. 2006. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Penerbit
Universitas Indonesia. Jakarta.

Permana D.R., dan Kusmiati. 2007. Isolasi Kapang Patogen Dari BahanKitosan Sebagai Pengawet Makanan Snack Ubi Jalar (Ipomea batatas, L). LIPI. Bogor..

Prescott, L. M, J. P. Harley, dan D. A. Klein. 2008. Microbiology. 7th Ed. Mc Graw-Hill Book Company Inc. USA, p: 113-116

Waluyo, L. 2007. Mikrobiologi Umum. UMM Press. Malang